Oberstes Organ der Ernst Göhner Stiftung ist der Stiftungsrat, der sich aus neun Mitgliedern zusammensetzt. Operativ wird die Stiftung von der Geschäftsstelle geführt.
Stiftungsrat
Dr. Beat Walti (Präsident), Dr. Roger Schmid (Vizepräsident), Giacomo Balzarini, Prof. Dr. Christoph Franz, Mark Furger, Prof. Dr. Thomas Gutzwiller, Prof. Dr. Michael Hengartner, Dr. Monika Krüsi, Isabel Kühnlein Specker
Ausschüsse
Der Stiftungsrat hat verschiedene Ausschüsse geschaffen, die sich mit der Führung der Stiftung, der Vermögensbewirtschaftung und der Mittelverwendung befassen.
Geschäftsstelle
Samuel Bon (Geschäftsführung)
Daniel Hübscher (CFO)
Dr. Suzanne Avedik (Spezialmandate)
Anna Bürgi (Darstellende Künste und Musik)
Michaela Gasser (Soziales und Umwelt)
Elvira Hammer (Sekretariat)
Patricia Kopp (Bildung und Wissenschaft)
Martha Müller (Sekretariat)
Natalie Rossi (Soziales und Film)
Katharina Schillen (Musik)
Dr. Corinne Linda Sotzek (Bildende Kunst und Denkmalschutz)
Lucia Tellenbach (Sekretariat)
Claudia Uster (Buchhaltung)
Tanja Vogel (spartenübergreifende Projekte und Kulturgeschichte)
Corinne Wegmüller (Darstellende Künste, Literatur und Film)
EGS Beteiligungen AG und Seewarte Holding AG
Die Unternehmensbeteiligungen und die Immobilienaktivitäten der Stiftung sind in der EGS Beteiligungen AG bzw. der Seewarte Holding AG zusammengefasst. Einzige Ausnahme bildet die Beteiligung an der DSV A/S, die von der Ernst Göhner Stiftung direkt gehalten wird.