Die Ernst Göhner Stiftung hält Beteiligungen an Unternehmen in verschiedenen Branchen und weist einen ansehnlichen Liegenschaftenbesitz in der Schweiz auf. Die vielseitige unternehmerische Tätigkeit bildet das Fundament der Stiftung und ermöglicht es ihr, jährlich rund 1'500 gemeinnützige Projekte zu unterstützen.
Mit Ausnahme der DSV A/S werden sämtliche Unternehmensbeteiligungen von der EGS Beteiligungen AG gehalten. Die Immobilienaktivitäten sind in der Seewarte Holding AG zusammengefasst. Sowohl die EGS Beteiligungen AG als auch die Seewarte Holding AG sind 100-prozentige Tochtergesellschaften der Stiftung.
Nachdem Ernst Göhner 1971 kurz vor seinem Tod sein unternehmerisches Lebenswerk an die Elektrowatt AG verkauft hatte, bestand das Stiftungsvermögen hauptsächlich aus einer Beteiligung an dieser. Als die Credit Suisse – Haupteigentümerin der Elektrowatt AG – die Firma im Jahr 1998 veräusserte, verkaufte die Ernst Göhner Stiftung ebenfalls ihren Anteil.
Auch eine Beteiligung an der früheren Panalpina Welttransport (Holding) AG, heute DSV A/S, gehört zu den noch von Ernst Göhner in die Stiftung eingebrachten Werten. Heute hält die Stiftung unter zehn Prozent an dem börsenkotierten Unternehmen, einem der weltweit führenden Anbieter von Transport- und Logistikdienstleistungen.